As auditorias são classificadas em:
Auditoria de Conformidade ou Compliance: tem o objetivo de avaliar evidências para verificar se os atos e fatos da gestão obedecem às condições, às regras e aos regulamentos aplicáveis.
Auditoria Operacional ou de Desempenho: tem o objetivo de avaliar a economicidade, eficiência, eficácia e efetividade de organizações, programas, planos estratégicos e atividades governamentais, com a finalidade de promover o aperfeiçoamento da gestão pública, avaliar os resultados organizacionais e certificar o funcionamento dos controles internos, baseando-se em análises de risco.
Auditoria Financeira ou Contábil: tem o objetivo de averiguar, de acordo com normas específicas, a exatidão dos registros e das demonstrações contábeis no que se refere aos eventos que alteram o patrimônio e a representação do patrimônio do ente governamental, com a finalidade de aumentar o grau de confiança das informações por parte dos usuários.
Auditoria de Gestão: tem o objetivo de emitir opinião com vistas a certificar a regularidade das contas, verificar a execução de contratos, convênios, acordos ou ajustes, bem como aspectos de governança, riscos e probidade na aplicação dos recursos públicos e na guarda ou administração de valores e outros bens do tribunal ou conselho ou a eles confiados.
Auditoria Especial: tem o objetivo de examinar fatos ou situações considerados relevantes, de natureza incomum ou extraordinária, sendo realizada para atender solicitação expressa de autoridade competente.
Algumas auditorias podem ter natureza mista, a exemplo da Auditoria de Contas, que é tanto uma Auditoria Financeira com de Conformidade, sendo que, para cada tipo, é emitida uma opinião de Auditoria.